Pajak yang timbul dalam RISPRO, antara lain:
- Pajak yang timbul pada saat pencairan dana dari LPDP ke rekening Institusi karena lembaga riset pengusul merupakan Pengusaha Kena Pajak dan besaran pajaknya mengikuti ketentuan perundang-undangan yang berlaku; dan/atau (karena LPDP merupakan bendahara pemerintah maka LPDP dapat melakukan potongan dan pungutan pajak).
- Pajak yang timbul dari penghasilan (insentif periset)/pembelian barang/bahan riset/jasa (potongan dan pungutan dilakukan oleh Institusi atau mandiri oleh tim periset).